而李邦华对于京营的整顿也颇见成效，收回占役士兵一万多人，清出虚冒数千。三大营十多万人，又裁汰老弱近一半。
三大营之外还有三个预备兵营，每营三千人，军饷跟正营相似，但是不操练武艺，历来都是有权势人家隐冒的宝地。
李邦华核减了四千多人，又裁减了一千多老弱士兵，上书奏请将预备营归并进三大营，不再另设，朱由校全部允准。
三大营共有六名副将，往下又分为三十六营，大小军官有三百六十多名。
朱由校命兵部下令，把全部军官调入武学进修。然后从四卫营和勇士营，以及武学毕业生中挑选军官暂代其职，并晋升周遇吉为三大营总兵。
但这还不算完，接下来，四卫营、勇士营、三大营合并重编。一为勇卫营，二为选锋营，三为龙骑营，分别以孙应元、周遇吉、曹文诏统领。
这样一番操作下来，朱由校算是把京畿军队完全掌握在手中。
最忠心的将领，最好的装备，分文不少的军饷，严格的挑选和训练，这七八万人的天子亲军将是朱由校最坚实的依靠。
京畿卫戍稳了，朱由校又开始把军制改革推向九边。
还是最简单有效的手段，通过把各地军官召进武学进修，朱由校逐步地把各边镇的主将进行了调换。
蓟辽参将孙祖寿晋升大同总兵；老将杨肇基平叛有功，晋都督佥事加右都督，转任蓟州镇总兵；建昌营参将尤世威晋升宣府镇总兵。
还有武学毕业的尤世禄、戚显宗、戚振宗，被分派到陕西，协助孙传庭在榆林编练新军。
这都是朱由校看好的忠勇武将，各带一个五百人的火枪营分赴边镇，重整九边军镇的计划，正式开始实施。
而第二批召入武学的将领中，也有朱由校寄予厚望的人才。
象宣府游击金国凤，山西游击杨国柱，宁夏参将杨嘉谟，莱州守备金日观；榆林守备王世钦等。
以及起，浑身散发出王霸之气，缓步走到满桂面前，朗声说道：“朕说你是蒙古人，你就是。嗯，你敢抗旨？”
满桂懵逼，眨巴着大眼珠子，好半晌才叩下头去，委屈地说道：“微臣不敢。”
朱由校很满意，皇帝嘛，让你改个民族还不是一句话的事儿。好说好商量不成，非得让朕发飚。
“平身，赐坐。”朱由校脸上有了笑模样，返身回座，面色和熙地看着这个大块头儿。
满桂坐在绣墩上，可怜巴巴地抬头看了皇上一眼，希望万岁开恩，别让俺变成蒙古人好不好。
“此番召满卿来，是有重要的工作交付与你。”朱由校缓缓说道：“而蒙古人的身份，很是重要。满卿若有忠君爱国之心，便受些委屈好了……”
原来的京营三大营中有个三千营，以归化的蒙古骑兵为骨干，实际人数不止三千。分五司，分掌皇帝的旗﹑舆服﹑兵仗金鼓、御用宝物等。
但土木堡之变后，京营损失殆尽，后来虽然重建，但却没了蒙古骑兵的建制。
现在，少年皇帝从各边镇又搜罗了两千多蒙古骑兵，或是塞外降卒，或是归化大明的，就准备让满桂统领。
而这只是第一步，等到各边镇兵强马壮，朱由校便要与蒙古诸部好好谈谈这个抚赏的事情。
先说一下目前塞外蒙古的情况，也就能知道当时的大明、蒙古、后金三方错综复杂的关系。
正德初年，达延汗一统各部蒙古，将漠南漠北划地分封为左右两翼共六万户，大汗所在的察哈尔部号称蒙古中央万户，统属左翼诸部。
嘉靖年间，察哈尔部东迁至辽东一带（今大兴安岭东南）。左翼蒙古的东迁，令蒙古再次陷入分裂。
当时，退居塞外的蒙古部落彻底失去了农耕经济的支持，铁器、布帛、茶粮等物资来源几被断绝。
明廷则利用这种供需关系，与政治利益挂钩，以准许入贡和贸易的方式逼迫蒙古各部臣服。
“俺答封贡”后，明廷与右翼蒙古确定了臣属通商的关系，实现了大明西北部边境长达四十余年的和平安定。
但这种成功的通商朝贡模式，明廷却不愿给左翼蒙古的察哈尔、喀尔喀、科尔沁三部。导致万历年间，蒙古诸部时常扰边劫掠。